坎儿井是国家级文物，根据吐鲁番地区2009年进行的“第三次全国文物普查”，截止2009年12月27日，吐鲁番共有坎儿井1108条，有水坎儿井278条，都不同程度存在年久失修、暗渠淤塞、局部坍塌严重等问题。2008年国家文物局出资1600万元，启动了吐鲁番“坎儿井保护与利用工程”。2009年11月，吐鲁番开始对选定的30条有水的坎儿井进行维修加固。目前30条坎儿井已全部疏通完毕。
吐鲁番地区文物局工作人员表示，此次坎儿井掏捞疏通工程大多由当地村民完成，一方面是惠民工程，另一方面也是为了提高和延续当地农民的坎儿井掏捞技术。
据了解，国家文物局将在今后5年每年出资2000万元，用于吐鲁番地区的保护和维修。吐鲁番坎儿井2005年成为国家级文物保护单位，2007年进入中国世界文化遗产预备名单。
